Em Portugal as confrarias assumiram a forma de associação voluntária em que se agrupavam os irmãos para um auxílio mútuo, tanto no material como no espiritual.
O surto da criação das confrarias teve lugar a partir do séc. XII e XIII, mas foi após o Concílio de Trento (1545 a 1563) que estas sofreram um incremento. As autoridades eclesiásticas desenvolveram esforços através do incentivo e até da pressão para instituir as confrarias mais úteis aos objetivos da Reforma católica.
Coube ao Concílio de Trento definir com rigor as suas competências. Foi a partir deste que tomou corpo a divisão das confrarias laicas e eclesiásticas: as primeiras eram fundadas sem a intervenção da autoridade eclesiástica enquanto as segundas deviam a sua criação a um prelado, submetiam os seus estatutos à autorização do bispo e estavam sujeitas a visitações.
A referência obrigatória de qualquer confraria era constituída por um altar com as respetivas imagens, altar esse que se podia situar numa igreja de qualquer tipo: paroquial, conventual, uma simples ermida.
Enquanto confrarias paroquiais, uma das principais funções era a manutenção da igreja paroquial e do culto: os confrades podiam cotizar-se para pagar as obras e despesas da igreja, revezavam – se para conservar os altares em ordem, organizavam as procissões e festas religiosas, tinham ainda obrigações precisas de, quando morria um deles, zelar para morresse sacramentado, efetuar o transporte do corpo de casa para a igreja, fornecer círios para o funeral, acompanhar o velório e o enterro. As atividades assistenciais eram exercidas no âmbito restrito dos confrades: os únicos indivíduos externos à confraria que recebiam assistência eram os mendigos e forasteiros que morriam na paróquia. Outra forma de prestar assistência, embora não isenta de ambiguidade, era o empréstimo de dinheiro a juros aos confrades.
No que concerne ao recrutamento estas circunscreviam-se geralmente aos fregueses. Tudo indica que pertencia a pelo menos uma das confraria existentes na paróquia.
Com o decorrer dos tempos as confrarias sofreram mudanças, nomeadamente com o Regime Liberal e com a Implantação da República. Com o regime Liberal passaram a ser mais fiscalizadas e também aumentou a sua sujeição às autoridades civis. A partir da publicação do Código Administrativo de 1842 ficam sujeitas às autoridades civis. O papel fiscalizador destas associações, reservado desde 1832 aos administradores do concelho, passou para as mãos dos governadores civis. Os estatutos passaram a ser aprovados pelas respetivas autoridades. A Portaria de 30 de dezembro de 1852 estabelecia que as novas irmandades eram obrigadas a requerer a aprovação dos seus estatutos e ainda uma licença para se constituírem.
Com a implantação da República e respetiva Lei da Separação do Estado da igreja, as confrarias tiveram que harmonizar os seus estatutos de acordo com as suas determinações. Após esta lei, passaram a ter como principal função a assistência e a beneficência. Foi, também, nesta altura que muitas, senão a maior parte, foram extintas.
A Confraria de S. sebastião foi governada por 1 juíz, 1 escrivão, 1 tesoureiro, 1 procurador e 2 mordomos.